Newsstandがフォルダに入れることができなくて邪魔だなぁと思っている方も多いと思いますが、
アプリを2つ重ねてフォルダが新しく作られる瞬間にNewsstandをフォルダに入れれば可能となります。
フォルダにフォルダを入れる方法
Newsstandの方法を応用して、フォルダにフォルダを入れることもできます。
新しく作るフォルダをフォルダAとし、入れたいフォルダをフォルダBとします。
アプリを2つ重ねてフォルダAが作られる瞬間にフォルダBをフォルダAに入れれば可能となります。

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注意点
Newsstandの場合と同じバグを利用しているため、
フォルダA中のフォルダBをタップするとOSごと落ちて再起動します。
フォルダB中のアプリを使いたい場合はドラッグしてフォルダAからフォルダBを出して使ってください。
2012-03-23 追記
この方法は、iOS5.1以降では使えません。


iOS4でもできますよ、これ。
これiOS5.1になってから出来なくなってしまってるよう気がします!久々にやったら出来なかったので自分の腕が落ちたのかもしれませんが確認していただけたらありがたいです。
もともとバグだったので、5.1になった際に修正されました。
そのため、この方法はすでに使えません。