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研究者は専門知識を深めたり研究の質を高めたりするために様々な論文を読みます。
しかし、その論文が大量になってくると管理が大変になってきて、逆に研究効率が悪くなってしまう場合があります。
学術文献はほとんどがPDFファイルであり画像やテキストと違って管理用のソフトウェアも少なく、定番の論文作成支援ソフトの EndNote はアカデミック版でも 3万円以上するため、学生には手が出しづらいものです。
いろいろ探した結果、無料の論文管理ソフトで良かったものが、Mendeley でした。
Mendeley を導入すると論文執筆の効率が格段に上がります。
以下に Mendeley の導入手順を書きます。

Mendeley へ行って、First Name（名前）、Last Name（名字）、E-mail を入力してSIGN UP & DOWNLOAD をクリック。
Download Mendeley Desktop から、Mendeley Desktop をダウンロード。
そして Mendeley Desktop をインストールする。
初回起動時は、先ほど登録したメールアドレスとパスワードを入力する。

論文を Mendeley Desktop にドラッグアンドドロップするだけ。
これで、Google Scholar や The ACM Portal、IEEE Xplore などの電子ジャーナル・プラットフォームから文献情報を引っ張ってきてくれます。

論文を引用したいときは、右クリックから “Copy Citation” で引用形式でクリップボードにコピーされます。
ハーバード方式 (Harvard referencing) や IEEE など多用な引用形式を選択することが出来ます。さらに自作の引用形式も作成できます。
Shared Collections を使えば、他の研究者と論文共有をすることができます。
Mendeley の無料アカウントでは500MBまでしか管理できません。

Mendeley の iPhone アプリ もあります。
論文管理用の iPhone アプリは、Papers (1700円) がありますが、大して機能に差がないので、無料の Mendeley で十分だと思います。
また、GoodReader のようなPDF閲覧に特化したアプリがあるので、
論文管理アプリは PDFを読む用途に使うよりも、論文情報の確認に使うと便利だと思います。